Romanul debuteaza prezentandu-l pe tanarul Charles Bovary incapabil sa se adapteze in mediul scolastic si ridiculizat de catre noii sai colegi. Ca si copil, si mai tarziu ca si adult, Charles ramane pe parcursul romanului un personaj mediocru si lipsit de vigoare. Rateaza primul sau examen pentru a deveni doctor si abia din a doua incercare  reuseste sa devina un doctoras de mana a doua intr-o comuna. La scurt timp dupa ce este repartizat, mama acestuia ii aranjeaza casatoria cu o vaduva mai in varsta, dar care moare la scurt timp lasandu-i acestuia mai multi bani decat ar fi sperat.

La scurta vreme Charles se indragosteste nebuneste de Emma, fiica unui pacient de-al sau, si cei doi hotarasc sa se casatoreasca spre fericirea si multumirea tatalui fetei. Se pare insa ca mariajul nu se ridica la asteparile fetei. Aceasta inca de cand locuia la manastire visa ca va gasi o iubire care va fi, printre altele, solutia tuturor framantarilor ei interioare.

Dupa ce ia parte la o serata extravaganta incepe sa viseze si sa isi doreasca cu ardoare o viata mai sofisticata. Revenirea la viata de la tara o aduce pe Emma in pragul unei depresii crunte tocmai cand aceasta ramane insarcinata. Din dragoste pentru Emma si din dorinta de a o face fericita, Charles decide sa se mute in Yonville, un mic orasel. Acolo familia Bovary ii intalneste pe Homais farmacistul, un fanfaron caruia ii place sa se auda vorbind.si pe Leon, un tanar avocat, care, ca si ea, este plictisit de viata rurala si ii place sa se afunde in romane siropoase. Odata cu nasterea Berthei, Emma incepe sa se indragosteasca de Leon, acesta raspunzandu-i sentimentelor ei. Insa  sincronizarea nu e de partea lor, Emma nefiind inca pregatita sa se angajeze intr-o idila cu tanarul Leon, dezamagit de respingerea tinerei, tanarul pleaca spre Paris pentru a-si continuie studiile.

La scurt timp dupa plecarea lui Leon, Emma il cunoaste pe Rodolphe care se arata inca de la bun inceput interesat de ea, declarandu-i pe nerasuflate iubirea. De aceasta data Emma nu mai ezita in a se arunca in mrejele idilei. Din  cauza indiscretiei pe care o manifesta fatis, locuitorii oraselului incep sa barfeasca despre cei doi. Charles insa, orbit de dragostea lui pentru sotia sa cat si de naivitatea-i caracteristica, nu banuieste absolut nimic. In acest timp Charles trece printr-un esec profesional, fapt care o ingretoseaza si mai mult pe Emma, aruncand-o cu disperare in flacarile iubirii adulterine, incepand sa se imprumute din ce in ce mai mult pentru a-i face diverse cadouri lui Rodolphe si pentru a plati plecarea lor si a fetitei ei, plecare pe care Emma o planuiste pana la cel mai mic detaliu. Se pare insa ca planul ei nu ajunge sa se realizeze pentru ca Rodlphe o paraseste, neaseptat, nu inainte de a-i scrie o scrisoare care ii va frange inima eroinei. Emma se imbolnaveste grav, fiind la un pas de moarte.